Este inmueble sufrió un incendio en 1881, en el que también se quemó el archivo parroquial. Cuando se llevó a cabo la reconstrucción, la imagen de San Francisco, patrono del templo, fue depositada en el templo de Arizpe, donde permanece actualmente; una vez concluida su reconstrucción, fue dedicada a la Virgen de Guadalupe.

En 1642, el Padre franciscano Juan Suárez se hizo cargo de este pueblo, convirtiendose en cabecera de Misión.

En el año 1650, muere el padre Suárez, quedando sepultado en la localidad de Chinapa. A partir de la muerte del padre Suárez, los jesuitas se hicieron cargo del templo hasta el año de 1653, dos años más tarde era cabecera con el Padre Carlos Celestri, después volvió a ser visita hacia el año de 1764, dependiendo de Arizpe.

Actualmente la iglesia está restaurada y conserva pocos elementos arquitectónicos del inmueble original.